El CIBERNED está formado por 55 grupos de investigación, pertenecientes a instituciones de naturaleza diversa: hospitales universitarios, universidades, Organismos Públicos de Investigación (OPI) , como el propio Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), y centros de investigación de las comunidades autónomas.
El CIBERNED integra un amplio equipo humano de más de 630 personas, constituido por una amplia plantilla de investigadores propios y miembros de los grupos como personal adscrito al CIBERNED. Este amplio equipo está formado por investigadores biomédicos, básicos y clínicos, técnicos de investigación y personal de gestión.
El CIBERNED, área temática del CIBER, pertenece a este consorcio público, por tanto está regido por un Consejo Rector y una Comisión Permanente (órganos de gobierno y dirección) en el que participan las instituciones consorciadas. La estructura de organización está compuesta por la Dirección Científica a cargo del Dr. Adolfo López de Munain que junto al Comité de Dirección coordina la actividad de los 3 Programas Científicos en los que se distribuyen los grupos CIBERNED. La Unidad Técnica CIBER, ofrece el soporte administrativo necesario para el funcionamiento de la Institución.
